SSP

Science-Support-Plattform

Proteomik

Ultimate 3000 Nano-Flüssigchromatographie gekoppelt an ein Orbitrap Exploris 240 Massenspektrometer. Foto: IGZ/J.Vogt

Das Proteomik-Labor am IGZ bietet eine umfassende proteomische Infrastruktur für die Identifizierung und Charakterisierung von Proteinen und Peptiden, in deren Mittelpunkt die hochauflösende und massengenaue Massenspektrometrie steht.
Proteine werden aus In-Gel- oder In-Solution-Proben identifiziert und durch markierungsfreie oder stabile Isotopenmarkierung quantifiziert. Die Identifizierung von posttranslationalen Modifikationen an gereinigten Proteinen oder in komplexen Gemischen wird ermöglicht. In einer Reihe von Projekten werden Methoden für die gezielte und nicht gezielte Proteom-Analyse von Pflanzengeweben und subzellulären Strukturen wie mikrosomalen Membranen, Plasmamembranen, apoplastischer Flüssigkeit und Einzelzellanalysen entwickelt.

Weiterlesen
Ultimate 3000 Nano-Flüssigchromatographie gekoppelt an ein Orbitrap Q Exactive Plus Massenspektrometer. Foto: sevens [+] maltry
ultrafleXtreme MALDI-TOF Massenspektrometer. Foto: sevens [+] maltry

Metabolomik LC-MS

LC-QToF: 1290 Infinity UHPLC mit DAD Detektor, gekoppelt mit 6546 LC/Q-TOF mass spectrometer, Agilent. Foto: IGZ/J. Vogt

Die LC-MS-basierte Metabolomik-Einrichtung unterstützt das Institut und seine Forschungspartner*innen mit modernsten Geräten und Verfahren für die chemische Analyse der resultierenden Proben und Extrakte aus einer Vielzahl von Organismen und Geweben. Diese reichen von Mikroorganismen bis hin zu Pflanzen, einschließlich Blättern, Stängeln, Blüten, Pollen, Wurzeln, Sprossen, Samen, Körnern, Früchten, Bläschen und Exsudaten. Die Flüssigchromatographie-Massenspektrometrie (LC-MS) ist eine vielseitige Analyseplattform und ein leistungsfähiges Instrument für die zielgerichtete und nicht zielgerichtete Analyse von thermolabilen instabilen Verbindungen, polaren und relativ unpolaren Verbindungen, Sekundärmetaboliten und Phytohormonen. 

Weiterlesen
LC-IonTrap: 1260 Infinity II HPLC gekoppelt an ein AmaZon SL Ion trap, Bruker. Foto: IGZ/J. Vogt
LC-Qtrap: 1260 Infinity II HPLC gekoppelt an ein Q-Trap 6500, ABSciex. Foto: IGZ/J. Vogt
LC-ToF: 1290 Infinity II UHPLCs gekoppelt an ein mit APCI und ESI ausgestattetes TOF-Massenspektrometer, Agilent. Foto: IGZ/J. Vogt
LC-DAD-FLD: 1290 Infinity LC-FLD-DAD, Agilent. Foto: IGZ/J. Vogt

Metabolomik GC-MS

8890 GC-System gekoppelt mit 5977B Einzelquadrupol-Massenspektrometer, Agilent. Foto: IGZ/J. Vogt

Das Gaschromatographie-Massenspektrometrie-Labor (GC-MS) am IGZ bietet eine umfassende Infrastruktur für die Identifizierung und Analyse von pflanzlichen flüchtigen organischen Verbindungen (volatile organic compounds, VOC).
Pflanzen emittieren ein breites Spektrum chemischer Verbindungen aus verschiedenen Teilen wie Blättern, Blüten und Wurzeln. Diese lipophilen Verbindungen werden hauptsächlich mit dem Ziel freigesetzt, um mit anderen Pflanzen und weiteren Organismen zu kommunizieren.

Weiterlesen
GC-MS/MS: 7890B GC-System gekoppelt mit 7010 Triple-Quadrupol-Massenspektrometer, Agilent. Foto: IGZ/J. Vogt
GC-Q-TOF: 7890B GC-System gekoppelt mit 7250A GC/Q-TOF-Massenspektrometer, Agilent. Foto: IGZ/J. Vogt

Bioinformatik

Der allgemeine Ablauf und einige verwendete Software-Pakete für die Multi-omics-Datenanalyse in der Science-Support-Plattform.

Die Bioinformatik am IGZ ist verantwortlich für die IT-basierte Integration und Analyse komplexer biologischer Datensätze. Mit einem Schwerpunkt auf der Analyse von komplementären Multi-Omics-Daten bieten wir individuelle Lösungen, die ein systemisches Verständnis der Interaktionen zwischen Pflanze und Umwelt sowie der Stressreaktionen ermöglichen. Wir unterstützen dabei die Forschung in den Bereichen Genomik, Transkriptomik, Proteomik, Phenomik sowie Metabolomik.

Weiterlesen