Das Leibniz-Institut für Gemüse- und Zierpflanzenbau (IGZ) hat die Rechtsform eines eingetragenen Vereins. Als solcher hat es einen Vorstand und eine Mitgliederversammlung. Der Vorstand führt die laufenden Geschäfte des Institutes und ist zusammengesetzt aus der Wissenschaftlichen Direktorin, der Verwaltungsleitung, sowie den zwei stellvertretenden Direktor*innen. Die Mitgliederversammlung des IGZ bestimmt die Grundsätze der Tätigkeit des Vereins und überwacht den Vorstand. Sie besteht aus Vertreter*innen des Bundes, des Landes Brandenburg, verschiedener Forschungseinrichtungen, wissenschaftlicher Gesellschaften und gartenbaulicher Verbände.

Der Wissenschaftliche Beirat berät den Vorstand und die Mitgliederversammlung des Instituts in allen bedeutsamen Fragen seiner Forschungsarbeit. Er ist gebildet aus Vertreter*innen internationaler universitärer und außeruniversitärer Forschungseinrichtungen.

Die Forschungsarbeit des IGZ findet in Programmbereichen (Abteilungen) und Forschungsgruppen  statt.

Weitere wichtige Funktionen zur Wahrung der Rechte aller Mitarbeiter*innen haben der Betriebsrat und die Gleichstellungsbeauftragte.