Auf den 1924 an Prof. Theodor Echtermeyer zum 100-jährigen Jubiläum der Höheren Gärtnerlehranstalt Dahlem von der Stadt Berlin übergebenen 17,4 ha großen Moorversuchsfeldern werden die ersten Gebäude der Lehr- und Forschungsanstalt errichtet. Mit zwei Gurkenhäusern und einem Vermehrungshaus und Frühbeeten beginnt in 1925 die Gemüsebauforschung in Großbeeren. Landökonomierat Echtermeyer verfolgt das Ziel, die Nutzung der Moore durch gärtnerische Kulturen zu erforschen und zu popularisieren. Die Arbeiten des Instituts tragen Maßgeblich zur Entwicklung der Gartenbauwissenschaften in Deutschland bei. Erste Schwerpunkte liegen auf Düngungsversuchen, Sortenprüfungen und Anbaumethoden.

Ab 1936 erfolgt die Umbenennung Versuchs- und Forschungsanstalt für Gartenbau Berlin-Dahlem, Institut für Gemüsebau Großbeeren mit acht wissenschaftlichen Mitarbeitenden.

Nach Kriegsende ruht die wissenschaftliche Arbeit zunächst weitgehend. Leiter wird Dr. Erwin Mantel, der das Amt bis 1949 innehat. Die Zerstörungen von Gebäuden und Gewächshäuser sowie der Verlust an Ausstattung stellen das Institut vor große Schwierigkeiten. In dieser Zeit ist es noch Teil der Dahlemer Einrichtung in West-Berlin.

1952 erfolgt die Eingliederung des Instituts in die Deutsche Akademie der Landwirtschaftswissenschaften zu Berlin. Der Name ändert sich zu „Institut für Gartenbau Großbeeren“. Ab 1962 heißt es „Institut für Gemüsebau“. Prof. Reinhold bleibt bis zu seiner Emeritierung 1965 Direktor, parallel leitete er auch das Universitätsinstitut der Humboldt-Universität.

Ab 1969 übernimmt Prof. Georg Vogel die Leitung, das Institut heißt nun „Institut für Gemüseproduktion Großbeeren“. Während seiner Tätigkeit wird das Institut zu einem führenden Zentrum der Gemüseproduktionsforschung. In den Jahren 1977 bis 1982 führt Prof. Edmund Engel das Institut, während Vogel in der Akademieleitung tätig ist.

Das Institut umfasst nun vier Bereiche mit 15 Abteilungen und verfügt über Versuchsstationen in Rostock, Groß Börnecke, Golzow, Vockerode und Dresden. Neue Gewächshausanlagen und Labore kommen hinzu.

Zentrale Aufgabe ist die Erarbeitung der wissenschaftlichen Grundlagen zur Erhöhung der Gemüseproduktion und -qualität zur weiteren Verbesserung des Versorgungsniveaus der DDR-Bevölkerung. Die Arbeiten sind auf pflanzenbauliche und technologische Forschung, Mechanisierung sowie Lagerung ausgerichtet.

Nach der politischen Wende erhält Großbeeren 1991 ein noch in der DDR geplantes Laborgebäude mit moderner Ausstattung und es entstehen neue Gewächshäuser. Gleichzeitig werden die Forschungsabteilungen Ökonomik und Mechanisierung/Automatisierung aufgelöst, die Abteilung Pflanzenschutz in andere Einrichtungen integriert und weitere umfassende Umstrukturierungen vorgenommen. Der Wissenschaftsrat bewertet das Akademie-Institut in seiner Evaluierung positiv. Diese Entscheidung ermöglicht die Eingliederung in die bundesdeutsche Forschungslandschaft als „Blaue Liste“-Forschungsinstitut der Organisation, die in den kommenden Jahren zur Leibniz-Gemeinschaft wird.

Mit der Jahrtausendwende wird Dr. habil. Eckard George, ab 2002 Professor für Ernährungsphysiologie der Nutzpflanzen an der Humboldt-Universität zu Berlin, Wissenschaftlicher Direktor des IGZ.

Die gartenbauliche Forschungsarbeiten am IGZ wird ab 2005/2006 in vier Forschungsbereiche neu gegliedert: Gartenbaupraxis und moderne Produktion – Nutzung biologischer Regelungssysteme – Umwelt und Verbraucher*innen – globale Veränderungen. Das IGZ setzt zunehmend auf interdisziplinäre Ansätze.  2007 wird das Forschungsprogramm „Forschen für den Gartenbau“ implementiert. Das IGZ versteht sich als Bindeglied zwischen naturwissenschaftlichem Erkenntnisfortschritt und der Lebenswirklichkeit von Produzierenden und Verbraucher*innen. So werden praxisnahe Lösungen für eine nachhaltige Produktion entwickelt und die Grundlagen für eine gesunde Ernährung erforscht. Über die Einführung einer Matrixstruktur werden interdisziplinären Forschungsansatz verstärkt bearbeitet.

Die Versuchs- und gerätetechnische Ausstattung wird ausgebaut, darunter ein Kabinen- und Produktionsgewächshaus und Arbeitsgebäude, das Klimakammern und Phytotrone enthält. Der Versuchsbetrieb in Großbeeren und Golzow wird modernisiert, um praxisnahe Forschung zu ermöglichen.

Der Senat der Leibniz-Gemeinschaft und der Gemeinsamen Wissenschaftskonferenz empfiehlt nach der Instituts-Evaluierung in 2016 die Abtrennung des Standorts Erfurt vom IGZ. Ab 2019 geht dieser in der Forschungsstelle für gartenbauliche Kulturpflanzen der Fachhochschule Erfurt unter der Leitung von Prof. Philipp Franken auf.

In 2022 übernimmt Prof. Nicole van Dam, Professorin am Institut für Biodiversität der Friedrich-Schiller-Universität Jena, die Stelle der wissenschaftlichen Direktorin des IGZ. Ein umfassender Strategieprozess definiert die neue Vision des IGZ: „Ein gesunder Planet für alle“. Ziel ist es, mit exzellenter Forschung wissensbasierte Lösungen für nachhaltige und widerstandsfähige Agrar- und Ernährungssysteme zu erarbeiten. Die Forschung konzentriert sich auf vier aktuelle Herausforderungen im Gartenbau: Ressourceneffizienz, Erhalt und Förderung der Biodiversität und Pestizidreduktion, Anpassung an den Klimawandel sowie weltweite Ernährungssicherung und die Bereitstellung einer gesunden pflanzenbasierten Nahrung.

Zukünftig soll auch der Name des Instituts der Neuausrichtung Rechnung tragen: Leibniz-Institut für Gartenbauwissenschaften (IGZ) e. V.